馬來西亞作為世界貿易組織成員國，關稅水平一般較低。雖然大多數品目的關稅稅率低於25%，但關稅稅率的取值範圍很廣。基本食品的關稅很低，不超過5%。主要貨物的平均稅率約為5%。中間產品和運輸設備的稅率平均低於20%。消費類貨物的稅率更高，有的高達60%。高價機動車輛徵收的關稅稅率高於 100%。總之，在其總共約600種進口品目中，只有91種的關稅稅率超過50%。馬亞西亞作為建設中的東盟自由貿易區(AFTA)的成員國，其關稅減讓將執行AFTA條例中關於「普遍有效優惠關稅」(CEPT)計劃。馬亞西亞主要的進口產品分三類，第一類是原料、生產資料，包括電子原件、紡織品、塑料、機器零部件、石油、化肥、農藥和食品，共佔進口總額的42.6%;第二類是機械設備，包括金屬產品、機械運輸設備、電子儀器、重型機械和電信設備，共佔進口總額的34.5%;第三類是日常生活用品，包括摩托車、自行車、珠寶及食品，共佔進口總額的21.9%。馬亞西亞進口貨物都要按CIF(到岸價格)值徵收5%的附加稅。一些基本貨物如魚、穀類、鹽、石油產品、橡膠、紙和印刷品等是免徵附加稅的。對啤酒、酒精和其他飲料，煙、汽油、礦物油和糖、輪胎、紙牌、空調、電池、電視接收機、機動車輛和摩托車、火柴等商品按從價或從量徵收消費稅。
1. 進口單證。
(1) 商業發票 用於計徵關稅的原始發票要求使用英語填寫並簽署姓名。發票必須包括以下項目：標記、號碼、貨包的數量和種類、詳細的商品名稱，非技術名稱或內部標號代碼、毛重和淨重、FOB、CIF費用和CIF價(如屬於不同的海關稅則項目，還必須將每種商品按CIF價分開注明)、發貨地點和原產地。包裝上的商品說明必須與發票上的一致，發票要一式三份。
(2) 原產地證書 原產地證明書只針對來自聯邦制國家的貨物。
(3) 提單 海運提單不需公證。允許使用指示提單，但要注明一位被通知人地址。
2. 特別規定。
必須用巴哈薩來語在已包裝完畢的貨物標籤上注明有關商品說明、公制重量和原產地的所有詳情，英語只允許以第二種語言使用。所有已包裝的產品必須印有以下說明：生產者、進口商或批發商的姓名、原產地、包裝內容和產品的名稱。食品、藥物、家畜和肉類還必須注明衛生檢疫規定，包括標籤規定。用馬來西亞語標出以下內容：原產地、商品說明、重量、保存期、進口商的姓名和通訊地址。香煙的包裝必須用馬亞西亞語印上清晰的損害健康類的警語。
3. 對未領取貨物的處理。
買主未按期限提取的貨物可以在海關倉庫中保留21天。逾期通知收貨人，須在7天內提貨，否則海關將予以拍賣。拍賣所得用於支付報關費、倉儲費和其他所有費用。空運貨物必須在72小時內領取，否則將處以高額的倉儲罰金。該貨物若3個月後仍未領取，將被退回。